Οι διωγμοί του Χρυσοστόμου
Μπορεί να κατέκτησε τις καρδιές του λαού, σύντομα όμως προκάλεσε πλήθος αντιδράσεων εκ μέρους εκείνων που θίγονταν από το ελεγκτικό του κήρυγμα. Έτσι δημιουργήθηκε ένα έντονο και ασφυκτικό αντι-Χρυσοστομικό κλίμα. Ιδιαίτερα δε, εξόργισε το περιβάλλον της Αυτοκράτειρας Ευδοξίας. Το αποκορύφωμα ώστε να ανάψει η θρυαλλίδα της συσσωρευμένης αντιπάθειας σε βάρος του, τόσο εκ μέρους των αρχόντων και πολιτικών, όσο και των εκκλησιαστικών παραγόντων της εποχής, ήταν ο έλεγχος στην Αυτοκράτειρα Ευδοξία, η οποία παρανόμως οικειοποιήθηκε το χωράφι μιας φτωχής χήρας. Επιπρόσθετα διάφορες τάξεις οι οποίες θίγονταν από το κήρυγμά του, έψαχναν αφορμές, διαρκώς να συκοφαντήσουν τον επίσκοπο, αλλά και να διατυμπανίζουν στην Αυλή, αυτή την υποβόσκουσα δυσαρέσκεια. Χαρακτηριστικό παράδειγμα του γεγονότος αυτού ήταν η ανέγερση ενός λεπροκομείου και η επίθεση που δέχτηκε από τη νομενκλατούρα της Πόλεως, εξαιτίας της οικονομικής ζημίας που θα απολάμβαναν τα κτήματά τους. Επίσης πολλοί ήταν εκείνοι που αποσκοπούσαν στο θρόνο του. Πρωτεργάτες της δυσαρέσκειας υπήρξαν ο Ευτρόπιος και ο Γάιος που ήταν αρχηγός των Γότθων στην Κωνσταντινούπολη, ενώ από εκκλησιαστικής πλευράς, ο Σεβηριανός Γαβάλων, ο Ακάκιος Βεροίας και ο Αντίοχος Πτολεμαΐδας.
Ο κορυφαίος όμως διώκτης του Αγίου ο οποίος συνύφανε τις σαθρές κατηγορίες σε βάρος του και συνήσπισε τους αντιχρυσοστομιστές για να τον αποπέμψουν, ήταν ο Θεόφιλος Αλεξανδρείας. Ο Θεόφιλος ήταν αυτός ο οποίος κατάφερε να πείσει την Αυτοκράτειρα, ότι όταν ο Ιωάννης αναφερόταν σε ομιλίες στην Ιεζάβελ, φωτογράφιζε αυτή, κάτι που συνεπάγετο ενοχή για εσχάτη προδοσία. Δηλαδή είχε ως στόχο, όχι μόνο την απομάκρυνσή του αλλά και την εξόντωσή του. Τελικά συνήλθε σύνοδος παρωδία, στην οποία παρευρέθησαν οι μισοί Επίσκοποι και τον εξόρισαν. Ο ίδιος μάλιστα δεν παρέστη, ενώ ανάμεσα στους κατηγόρους, ήταν και κληρικοί που είχαν αποπεμφθεί λόγω σιμωνίας. Προεξάρχων ήταν ο Θεόφιλος, κατηγορούμενος επίσης για αντιεκκλησιαστική συμπεριφορά, για την οποία ποτέ δεν δικάσθηκε.
Ο κορυφαίος όμως διώκτης του Αγίου ο οποίος συνύφανε τις σαθρές κατηγορίες σε βάρος του και συνήσπισε τους αντιχρυσοστομιστές για να τον αποπέμψουν, ήταν ο Θεόφιλος Αλεξανδρείας. Ο Θεόφιλος ήταν αυτός ο οποίος κατάφερε να πείσει την Αυτοκράτειρα, ότι όταν ο Ιωάννης αναφερόταν σε ομιλίες στην Ιεζάβελ, φωτογράφιζε αυτή, κάτι που συνεπάγετο ενοχή για εσχάτη προδοσία. Δηλαδή είχε ως στόχο, όχι μόνο την απομάκρυνσή του αλλά και την εξόντωσή του. Τελικά συνήλθε σύνοδος παρωδία, στην οποία παρευρέθησαν οι μισοί Επίσκοποι και τον εξόρισαν. Ο ίδιος μάλιστα δεν παρέστη, ενώ ανάμεσα στους κατηγόρους, ήταν και κληρικοί που είχαν αποπεμφθεί λόγω σιμωνίας. Προεξάρχων ήταν ο Θεόφιλος, κατηγορούμενος επίσης για αντιεκκλησιαστική συμπεριφορά, για την οποία ποτέ δεν δικάσθηκε.
Σύντομα, όμως, ο Ιωάννης επανήλθε στον αρχιεπισκοπικό θρόνο λόγω του φόβου που προκάλεσε στην αυλή η αντίδραση του λαού, ενός μεγάλου κακού στο οικογενειακό περιβάλλον της Ευδοξίας και συνάμα ενός σεισμού, που συνέβη, ενώ ο Ιωάννης ταξίδευε για τη εξορία, που εξελήφθη ως θεϊκό σημείο. Μετά από λίγο ήρθε και η ώρα της δεύτερης και μόνιμης εξορίας, του Αγίου. Αυτό συνέβη διότι ο Ιωάννης και πάλι δεν έπαψε το φλογερό κήρυγμα του. Υπήρξε ασυμβίβαστος προς τη ανηθικότητα, την ειδωλολατρεία, τον κοσμικό έκλυτο βίο. Αποκορύφωμα υπήρξε η νέα δριμεία κριτική που άσκησε ο Χρυσόστομος στην Ευδοξία για ένα άγαλμα της, το οποίο ανήγειρε στον περίβολο του ναού της Αγίας Σοφίας, στο οποίο τελούνταν και διάφορες Διονυσιακού τύπου εκδηλώσεις. Αυτή τη φορά, πάλι σύμφωνα με τους αντιπάλους του, εκφώνησε λόγους όπου αποκαλούσε την Ευδοξία Ηρωδιάδα, κάτι που τον έθεσε άμεσα στο στόχαστρο της αυτοκράτειρας, που τον εξόρισε οριστικά, με τη βοήθεια της συνόδου. Ο Ιωάννης όμως αρνήθηκε να φύγει παρά τη θέλησή του Αρκαδίου. Μάλιστα τις παραμονές της οριστικής του εξορίας, αποπειράθηκαν να τον δολοφονήσουν δύο φορές. Όμως ούτε και τότε τελείωσε ο διωγμός του. Αυτό φάνηκε από τα γεγονότα του Πάσχα του 404, όταν το βράδυ του Μεγάλου Σαββάτου μετά από ψευδή καταγγελία του Θεοφίλου στον Αρκάδιο, οι στρατιώτες του αυτοκράτορα επιτέθηκαν την ώρα της Λειτουργίας στο συναχθέν πλήθος, με την αιτιολογία ότι ήταν σύναξη οπαδών του Χρυσοστόμου. Ακολούθησαν βαρβαρότητες εκείνη την νύχτα καθώς και την επόμενη ημέρα από το στρατό και τους υπερασπιστές του Ιωάννη, που αποκλήθηκαν Ιωαννίται.
Η εξορία και το τέλος της ζωής του
Ο Ιερός Χρυσόστομος το μόνο που πάντα ζητούσε ήταν να ακροασθεί από Οικουμενική σύνοδο. Αυτό όμως προσέκρουε στα συμφέροντα των αντιπάλων του, οι οποίοι γνώριζαν τη αντικανονικότητα της Εν Δρύ συνόδου, με αποτέλεσμα να μην δέχονται το αίτημά του. Το βαρύ αυτό κλίμα τον υποχρέωσε σε εγκλεισμό στο επισκοπείο του για δύο μήνες. Όμως αυτό δεν αρκούσε στους αντιπάλους του, ήθελαν πάση θυσία το διωγμό του. Έτσι ο ανώτερος κλήρος με επικεφαλής τον Ακάκιο, άσκησαν έντονη πίεση στον Αρκάδιο και τον έθεσαν προ των ευθυνών του σε περίπτωση ταραχών. Εν τέλει εκδίδεται διάταγμα εξορίας του Ιωάννη, περί τις 20 Ιουνίου. Το κλίμα ήταν βαρύ. Οι υποστηρικτές του ήταν έτοιμοι να τον υπερασπιστούν, ενώ στρατιώτες είχαν εντολές να τον συλλάβουν και αν υπάρξουν αντιδράσεις, να κατασταλούν άμεσα. Τελικά παραδίδεται αφού εμφανίζεται στους υποστηρικτές του επισκόπους, ώστε με ειρηνικό τρόπο να τους αποχαιρετίσει και να εξέλθει κρυφά, ώστε να μην προκληθούν νέες αιματοχυσίες. Η διαθήκη του ήταν να διατηρήσουν ενωμένη την εκκλησία ώστε να μην προκληθεί σχίσμα.
Ο εξόριστος επίσκοπος φτάνει στη Νίκαια της Βιθυνίας και εν συνεχεία οδηγήθηκε στο χωριό Κουκουσός, στα σύνορα Καππαδοκίας και Αρμενίας. Από εκεί συνεχίζει το ποιμαντικό του έργο. Γράφει πλήθος επιστολών, συμβουλεύει, κατευθύνει, ενισχύει, παρηγορεί και τονώνει πολλούς Χριστιανούς. Όπως μαθαίνουμε από το πλήθος επιστολών του, είναι ένα ταξίδι θριάμβου, πόνου, απογοητεύσεων και διωγμών. Όπου εμφανίζεται, πλήθος λαού και κλήρου τον υποδέχεται με θέρμη. Αντιθέτως σε πολλούς ενδιάμεσους σταθμούς δέχεται επιθέσεις από φιλο-Θεοκλητικούς και αντι-Χρυσοστομικούς επισκόπους. Κάθε μέρα περπατεί πολλά χιλιόμετρα περνώντας πλήθος κακουχιών. Οι συνοδοί του είχαν εντολή πως αν πέθαινε θα έπαιρναν και πρόσθετο μισθό γι'αυτό του φέρονταν πολλές φορές βάναυσα. Στην Κουκουσό φθάνει μετά από ταξίδι επτά μηνών, σχεδόν ημιθανής.
Αφού συνήλθε, το μέρος της εξορίας του γίνεται πόλος έλξης πολλών πιστών. Αυτό το γεγονός όμως εξοργίζει περισσότερο το περιβάλλον του Αυτοκράτορα, το οποίο έβλεπε να αναπτύσσεται ένα ευρύτατο ενδιαφέρον υπέρ του εξορίστου επισκόπου. Ο Αρκάδιος -η Ευδοξία είχε πεθάνει- αποφασίζει περαιτέρω απομάκρυνση του στη Πιτυούντα, παρά τις προσπάθειες του Πάπα Ιννοκέντιου να επιστρέψει πίσω ώστε να ακροασθεί από σύνοδο. Οδοιπορεί για τρεις μήνες προς τον τόπο της εξορίας του, υπό αυστηρή επιτήρηση, αλλά τελικά ποτέ δεν θα φθάσει, γιατί θα τον προλάβει ο θάνατος. Κουρασμένος από τις πολλές κακουχίες, την έντονη ασκητική ζωή και βαριά άρρωστος εκοιμήθη στις 14 Σεπτεμβρίου του 407 μ.Χ στα Κόμανα του Πόντου.
Ο Άγιος παρέμεινε όμως ιδιαίτερα δημοφιλής και μετά το πέρας της ζωής του. Έτσι όταν το 434 Πατριάρχης εξελέγη ο μαθητής του Άγιος Πρόκλος, παρεκάλεσε τον αυτοκράτορα Θεοδόσιο Β΄ να ενεργήσει τα δέοντα, ώστε το λείψανο του μεγάλου αυτού πατέρα της Εκκλησίας να επιστρέψει στην Κωνσταντινούπολη. Και πράγματι, τέσσερα χρόνια αργότερα, στις 27 Ιανουαρίου του 438 η λάρνακα με το λείψανο του αγίου μεταφέρθηκε με λαμπρή και συγκινητική πομπή στην βασιλεύουσα και τοποθετήθηκε στο Άγιο Βήμα του ναού των Αγίων Αποστόλων, ενώ ο λαός έμπλεος χαράς αναβοούσε:
«Απόλαβε του θρόνου σου Άγιε»
